Il 9 Luglio del 1797, per volere di Napoleone, furono soppresse le Case religiose e tutti i beni di loro proprietà furono sequestrati, fra queste anche il Convento di San Giovanni Battista dè Carmelitani nel Borgo di San Genese. Ai RR.PP. fu concesso di rimanere fino al 16, giorno in cui ricorreva la solennità della B.ma Vergine del Carmelo.
Il 17 Luglio dell'anno 1797, in successione ai PP Carmelitani, furono alloggiati nel convento i PP Capppuccini, ai quali fu affidata la Parrocchia. Questi provenivano dalla Chiesa che avevano in città sulle rovine dell'anfiteatro; in quel periodo sembra che la Parrocchia contasse 1140 anime.

I PP Cappuccini vissero nel convento fino al 30 Settembre del 1805, data in cui furono espulsi dal convento e dalla città, ancora una volta per volere di Napoleone. La Chiesa allora divenne semplice Parrocchia, com'è attualmente.

Nel 1810 l'imperatore francese decise che Ordini, Congregazioni e Confraternite non avevano ragione di esistere così Monasteri, Conventi, opere d'arte, mobilio e preziosi d'ogni genere passarono in mano allo Stato.

Dalla cartografia esistente si può vedere che, fino al 1800, la Chiesa di San Giovanni ed il convento a lei annesso non hanno subito grosse trasformazioni. Nelle planimetrie dell'epoca risultano infatti la stessa forma e lo stesso ingombro.
Negli anni a seguire e precisamente nel periodo che va dal 1835 al 1884, si può notare una diversa rappresentazione del chiostro, perciò si suppone che il tamponamento degli archi possa essere avvenuto in quel periodo.
Nel 1916 la città fu scossa da un terremoto e la Chiesa subì notevoli danni. Fu poi restaurata grazie all'interessamento ed alle cure dei compianti Don Carlo Ghigi e Don Giovanni Massari.
Nel 1944 sono stati affrescati i soffitti; era Parroco in quel periodo Don Giuseppe Molari, per tutti noi l'indimenticabile Don Peppino.

Successivamente, nel 1998-1999, la Chiesa di San Giovanni ha subito un'importante opera di restauro. E' grazie all'impegno di molti, ma principalmente del Parroco Don Salvatore Pratelli, se oggi possiamo ammirare la bellezza della costruzione esterna e tutti i restauri alla parte interna.

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